Ідея повернення в Україну УАПЦ, що після Другої світової війни зберігала свої парафії та єпархії у вільному світі, проголошувалися вже 1988 р. Священик Богдан Михайлечко, виступаючи на установчому з'їзді Товариства української мови імени Тараса Шевченка в Києві 15 лютого 1989 р., звернув увагу присутніх на те, що серед них немає жодного архиєрея РПЦ. Промовець розцінив це як вияв байдужости до долі народу, серед якого владики здійснюють служіння, остраху виступати всупереч волі партійної номенклатури. Тому необхідно відроджувати Церкву без них, без осіб, що стали частиною партійно-державного устрою СССР.
На початку 1989 р. в Києві утворився Ініціятивний комітет з відродження УАПЦ. Його фундаторами стали члени першої київської незалежної громадської організації - Українського культурологічного клубу. До складу комітету ввійшли о. Богдан Михайлечко з Єлґави (Латвія), о. Мирон Сас-Жураківський з Коломиї, Лариса Лохвицька, Анатолій Битченко, Микола Будник, Сергій Набока, колишній політв'язень Євген Сверстюк. Було схвалене звернення, яке закликало утворювати реґіональні комітети для відродження УАПЦ й почати поминати на богослужіннях Вселенського патріярха Димитрія.
Комітет намагався створити громади УАПЦ в Києві, на Наддніпрянській Україні. Проте це унеможливлювалося браком священиків, законодавчими перешкодами, протидією влади, секуляризованістю інтеліґенції, політиків і громадських діячів.А тому діяльність комітету з відродження УАПЦ протягом півроку обмежувалася періодичними зустрічами та публікацією звернень і заяв. Спроба зареєструвати статут київської церкви св. Миколи Набережного на Подолі на вдалася.
27 лютого 1989 р. група львівських священиків РПЦ звернулася до митрополита Філарета Денисенка з заявою про необхідність здобуття автокефалії для українського екзархату:
"Тепер, коли настав час "гласності", ми, поки ще живі, зо-бо-в'я-зані розказати всьому суспільству правду і спом'янути перед винуватцями за свої кривди, за те, що нам належиться, як великому числу православних українців. Кров отця Костельника і знищені з поміччю отрути життя єпископів Михаїла Мельника й Антонія Пельвецького, священиків Мирона Крутяка і Володимира Куновського, що "кличуть до неба про помсту", є наказом для нас. Мені особисто наказав це зробити репресований "староправославний" протоієрей Григорій Курилас, якому до смерти не дозволено було повернутись на рідну землю. Жив у Валуйках, а помер у Сумах. Московський патріярхат іґнорує існування великого українського народу, окремішність української церковної думки, традицій, звичаїв і культури. Така іґнорація почалася ще від часів цариці Катерини ІІ. Як це жахливо думати, що патріярхат свідомо добиває те, чого не змогла знищити ця страшна цариця. Патріярхат зіґнорував навіть історичний факт, що первісна Русь - це Київ і південні землі, що в Києві в Дніпрі відбувалося торжественне хрещення киян в княжіння рівноапостольного князя Володимира. Патріярхат іґнорує українську мову до того, що по всій Україні, крім бувшої Галичини (бо тут народ свідоміший і не хоче піддаватися), заведено проповідь північною, російською мовою. Давню, південносло--в'ян-ську церковну мову ще Катерина наказала заборонити й замінити московською мовою. Її заборона виконується суворо досі. Ваше Високопреосвященство, на жаль, також приклали своїх рук, щоб зовсім скасувати на Україні церковну богослужбу рідною мовою. Те, що дозволив росіянин, митрополит Діонісій Валединський, не хоче дозволити екзарх України, митрополит Філарет Денисенко. Є, одначе, дозвіл читати Євангелія українською мовою, але він якийсь невиразний і скидається на дозвіл папи Йоана VІІІ. Нас, галичан, за те, що держимося своїх звичаїв і своєї давньої вимови, ненавидять і не проминають нам всюди виявити свого презирства, навіть в Почаєві та в Києві так, наче б то пра-во-сла-в'я - це тільки московська віра і Бог любить тільки московський народ та ще трохи терпить темних "хохлів".
Від імени однодумців заяву підписав протоієрей Володимир Ярема, настоятель Петропавлівської парафії м. Львова. Відповіді не було одержано. Реакцією на лист став розгляд справи о. Володимира Яреми в єпархіяльному управлінні. Однак суворі санкції щодо авторів листа не були застосовані з огляду на складну ситуацію в єпархії, де очевидним ставало те, що УГКЦ невдовзі вийде з підпілля.
Львівський митрополит РПЦ Никодим Руснак (1921-2011), у минулому висланий з Аргентини за шпигунство на користь СССР, готовий був підтримати зусилля щодо здобуття автокефалії за умови приєднання до УАПЦ греко-католиків, що почали були виходити з підпілля. Він направив протоієрея Володимира Ярему й священика Івана Пашулю для переговорів із главою катакомбної УГКЦ Володимиром Стернюком. Проте владика Стернюк відмовився приєднатися до Церкви, яка не визнаватиме юрисдикції римського архиєрея.
19 серпня 1989 р. на Святій Літургії в Петропавлів-ському храмі м. Львова, вперше відправленій українською мовою, протоієрей Володимир Ярема зачитав звернення Комітету з відродження УАПЦ, де пропонувалося:
"1. Створити реґіональні комітети по відродженню УАПЦ для подальшого злиття їх у Всеукраїнську Православну Раду.
2. У своїх парафіях зібрати парафіяльні збори, рішенням яких заявити свою відмову від послуху Московській Православній Церкві.
3. Про свою непохитну вірність своїй рідній УАПЦ повідомити в реґіональні комітети.
4. На всіх богослужіннях поминати Святішого Вселенського Патріярха Димитрія І".
Священик Богдан Михайлечко, голова ініціятивного комітету, брав участь у відправі й звернувся до вірних із заявою про підтримку ініціятиви церкви свв. апостолів Петра і Павла м. Львова. Він наголосив: "Москва не мала і не може мати жодної юрисдикції над нашою Церквою".
О. Володимир Ярема (1915-2000) походив із Надсяння. Він славився серед львівського клиру своєю унікальною ерудицією, талантом художника й композитора. Під час Другої світової війни він опинився у Львові, де навчався малярства у визначного художника Михайла Осінчука. З благословення митрополита Андрея Шептицького вступає до Львівської богословської академії, разом із якою переживає драму насильницької ліквідації УГКЦ. Священичий сан о. Володимир Ярема прийняв уже в Православній Церкві 1947 р. Спершу він служив на сільських парафіях, а 1958 р. був переведений до Львова і з 1969 р. став настоятелем Петропавлівської церкви неподалік від Личаківського цвинтаря. О. Володимир Ярема вважався одним із найавторитетніших знавців історії українського іконопису, церковного співу, сакральної архітектури. Він залучався до видання "Православного вісника" - єдиного журналу Київського екзархату РПЦ. Для значної частини галицької патріотичної інтеліґенції перехід о. Володимира Яреми до УАПЦ був несподіванкою, бо від нього очікували приєднання до відроджуваної УГКЦ.
Разом з о. Володимиром Яремою перехід до УАПЦ організував другий священик Петропавлівської парафії о. Іван Пашуля, котрийзараз перебуває в клирі Австралійсько-Новозеландської єпархії УАПЦ.
На адресу Вселенського патріярха Димитрія І, митрополита УПЦ у США Мстислава, митрополита УГПЦ в Канаді Василія було направлено телеграми з повідомленням про зміну юрисдикції.
Пройшов збір підписів під заявою на ім'я уповноваженого в справах релігійних сповідань при Львівському облвиконкомі Юліяна Решетила:
"Цим письмом заявляємо, що наша церковна громада відмовляється від підлеглости Руській Православній Церкві і приєднується до ініціятивного комітету відродження Української Автокефальної Церкви, який існує в Києві. Надії на екзарха України завели нас. Тому мусимо самі шукати до їх визволення. Далі годі терпіти таке зневажливе ставлення до 50-мільйонного народу з сторони тих, хто повинен би бути духовним провідником народу, а по суті тільки стягає кошти на оновлення своїх закладів, ремонт своїх монастирів, не цікавлячися зовсім тим, що наші монастирі тут стоять зовсім пустками і досі немає духовної українськомовної семінарії. Ієрархія Руської, точніше Російської Церкви на Україні є нічим іншим, як органом духовного поневолення віруючого українського народу. Від таких вовків, а не пастирів, нам треба рішуче відмежовуватися. Тому, не ждучи на ніяку ласку, приєднуємося до київського ініціятивного комітету і разом з ним шукатимемо собі правдивих духовних провідників. Тимчасово поминатимемо Святішого Вселенського Патріярха Димитрія І, доки знайдуться владики-патріоти, які не лякатимуться засудження із сторони московської ієрархії, що давно втратила християнську совість і підчинила себе цілковито атеїстичним органам".
Кілька днів миряни здійснювали охорону Петропавлівського храму від спроб захоплення міліцією для передачі РПЦ.
Перехід Петропавлівської парафії до УАПЦ викликав неґативну реакцію серед галицьких політиків, зорієнтованих на підтримку УГКЦ. У той же час, спочатку у Львові, потім у передмісті та Львівській области починається рух за перехід до УАПЦ. Центром руху стала Петропавлівська церква і придбаний для церкви будинок на вул. Личаківській, 91. Серед перших священиків, що перейшли до УАПЦ, були оо. Мирослав Євген Максимович, Степан Жигало, Мар'ян Балаш, Микола Малетич, Микола Кавчак, Євген Василенко.
22 жовтня 1989 р. для очолення громад, що перейшли до УАПЦ, на запрошення священства прибув до Львова позаштатний єпископ РПЦ Іоан Боднарчук. Він відправив Службу Божу, за якою висвятив на диякона випускника Львівського поліграфічного інституту Юрія Бойка, обраного до складу першої демократичної міської ради Львова. Тим самим він увійшов у канонічне управління громадами УАПЦ. Священики Львівщини на чолі з владикою Іоаном провели перший єпархіяльний собор.
Єпископ Іоан Боднарчук (1929-1994) народився в с. Іване-Пусте Борщівського р-ну на Тернопіллі в родині дяка. Він брав участь у боротьбі з большевиками в складі ОУН. Боднарчук був репресований, відбув дев'ять років ув'яз-нен-ня, але після цього зумів вступити до Ленінградської духовної семінарії, а згодом - Ленінградської духовної академії. Він прийняв ієрейське свячення 1961 р. Отець Боднарчук служив на Тернопіллі, а потім у Трускавці.
На єпископа владика Іоан був рукоположений 23 жовтня 1977 р. Він очолював Житомирську єпархію. За часи його служіння в єпархії було відкрито 85 церков. Саме тут єпархіяльний архиєрей подав та виграв безпрецедентний в історії СССР позов на місцевого уповноваженого в справах релігії.
У 1989 р. з огляду на стан здоров'я єпископ Іоан був відправлений поза штат. Відгукнувшись на запрошення священства УАПЦ, він прийняв на себе обо-в'я-зок канонічного очолювання парафій, що перейшли до складу УАПЦ в Україні. У зв'язку з цим 1 жовтня 1989 р. владика Іоан заявив телеграмою синодові РПЦ про вихід з-під юрисдикції Московського патріярхату й визнання над собою канонічної влади митрополита УПЦ у США та УАПЦ в діяспорі Мстислава.
14 листопада 1989 р. синод РПЦ оголосив про позбавлення єпископа Іоана священого сану й чернецтва, а відтак - про нечинність усіх священнодійств, відправлених ним після цієї постанови і незаконність його церковних розпоряджень. За поданням митрополита Філарета Денисенка Архиєрейський собор РПЦ 30-31 січня 1990 р. підтвердив це рішення. Таким чином, керівництво РПЦ увійшло до компетенції священноначальства УАПЦ й перевищило свої повноваження. У схвалених Архиєрейським собором РПЦ документах УАПЦ в Україні трактувалася як розкол, учинений єпископом Іоаном.
Тим часом перехід до УАПЦ набуває на Львівщині масового характеру. Він поширюється на Івано-Франківську та Тернопільську області. 22 січня 1990 р. проходить єпархіяльний собор Галицької єпархії (Івано-Франківська обл.), 24 січня 1990 р. - Тернопільський єпархіяльний собор. Формуються єпархіяльні управління. Починається видання єпархіяльних газет: "Церковні дзвони" (Львів), "Рідна Церква" (Івано-Франківськ). Незнайоме з устроєм УАПЦ галицьке духовенство продовжує, однак, жити відповідно до традицій і звичаїв РПЦ, в якій більшість із нього була висвячена. Виявляється, що для деяких священиків перехід до УАПЦ був лише способом утриматися на парафії, використавши політичну кон'юнктуру. В ряді місць УАПЦ виявилася втягнутою в конфлікт з УГКЦ. Більшість націоналістично налаштованих політиків почало розглядати відродження УАПЦ в Галичині як апаратну інтригу, покликану перешкодити реабілітації УГКЦ і поверненню її до повноцінного суспільного життя.
У грудні 1989 р. у Львові виникає мирянська громадська організація - Братство апостола Андрія Первозваного. Вибір небесного покровителя мав засвідчити визнання пріоритету Києва, України в наверненні Східної Европи до християнської віри. Використовувалося передання, зафіксоване в "Повісті временних літ" і матеріялах київських соборів 1620-1622 рр., про перебування апостола Андрія Первозваного в Києві й благословення ним цих місць. Взірцем та історичним обґрунтуванням місії Братства стало Львівське Успенське ставропігійне братство, що діяло в XVI-XVIII ст.
Братство розмістилося при Успенській церкві на вул. Руській. Його очо-лив парафіянин Успенської церкви Богдан Рожак. До управи Братства ввій-шли Святослав Ярема, Віра Маркович, Ярема Бучинський, Олег Махницький та ін.
Ідеологія Братства апостола Андрія Первозваного була зорієнтована перш за все на відродження соборноправних засад і національної орієнтації УАПЦ, повернення мирянам активної ролі в церковному житті, подолання формалізму й меркантильности РПЦ. Братство поширює церковну літературу українською мовою, здійснює масові місійні акції, виїзди в села, де діють парафії РПЦ, на схід України та на Волинь. Починається видання братського часопису "Успенська вежа". До Братства приходить нечисленна православна інтеліґенція Львова. Утворюються первинні осередки Братства в багатьох парафіях. Формується організаційна структура з розрізненням районного й обласного (крайового) рівнів керівництва.
На взір Львівського братства виникають братства в інших галицьких областях.
З'являються нечисленні братства в Рівному, Луцьку, Хмельницькому, Вінниці, Києві, Дніпропетровську, Чернігові. Зазвичай вони ставали основою для створення громад УАПЦ. Напрямним у праці центральноукраїнських братств було поширення інформації з історії Української Православної Церкви, молитовників українською мовою, боротьба з комуністичною номенклатурою за леґалізацію громад УАПЦ та здобуття храмів. Аналогічну мету ставлять перед собою братства на Східній Україні: в Харкові, Полтаві, Сло--в'ян-ську.
Брак чітких статутових засад і необхідність конспірації на початку відродження УАПЦ в Україні дозволяв вивести добір єпископських покликань поза контроль соборних органів керівництва Церквою. Протягом 1989-1993 рр. жоден архиєрей не був обраний, як цього вимагала помісна церковна традиція, закріплена в досвіді УАПЦ, на свою кафедру єпархіяльним собором духовенства й мирян. Єпископ Іоан Боднарчук проголосив себе першоієрархом УАПЦ в Україні й очолив найбільшу Львівську єпархію. Користуючись величезними перешкодами в підтримуванні зв'язку з митрополитом УАПЦ Мстиславом, владика Іоан поступово цілком перебрав управління Церквою. Він самостійно добирає кандидатів до єпископського служіння й організує рукоположення.
Першим архиєреєм, висвяченим для УАПЦ, став брат владики Іоана Василій Боднарчук (1925-2006.). Архиєрейська хіротонія була відправлена 24 березня 1990 р. за умов особливої таємниці. Єпископові Іоану Боднарчуку співслужив єпископ Російської Істинно-Православної Церкви Вікентій, а також єпископ Волинський і Рівненський РПЦ Варлаам, ім'я якого було приховане. Владика Варлаам узяв з присутніх присягу про нерозголошення його участи в хіротонії аж до його смерті. Лише коли за загадкових обставин владика Варлаам помер, присутні на хіротонії розкрили його ім'я. 7 квітня 1990 р. на єпископа Івано-Франківського було висвячено Андрія Абрамчука (нар. 1941), 27 квітня - Даниїла Ковальчука, 19 травня - Миколая Гроха, 22 травня - Романа Балащука. Усі вони були галичанами, випускниками російських духовних шкіл, служили священиками в РПЦ.
Лише один нововисвячений архиєрей, Володимир (світське ім'я Василь) Романюк (1925-1995), був відомий з колишньої правозахисної діяльности. Він народився в с. Химчин Косівського р-ну на Станіславівщині. За участь у повстанському русі 1944 р. Василь Романюк був засуджений на десять років. Після ув'язнення він 1959 р. був висвячений на диякона, а 1964 р. - на священика.
Після восьми років священнослужіння о. Василь Романюк був заарештований за контакти з правозахисним рухом.
На початку "перестройки" в СССР о. Василь Романюк виїхав на запрошення митрополита УПЦ в Канаді Василя Федака до Північної Америки. Після повернення в Україну він приєднався до УАПЦ, прийняв монаший постриг і 29 квітня 1990 р. був рукоположений у єпископа. Показовим для бачення етноконфесійного простору України було призначення владики Володимира Романюка єпископом Зазбручанської України. Для УАПЦ тих часів материком уявлялися три галицькі області, а решта території України була для неї безнадійною периферією. У Галичині зосереджувалося понад 90% усіх парафій.
Після висвяти шістьох архиєреїв було скликано перший Помісний Собор УАПЦ (5-6 червня 1990 р.). З 703 делеґатів було 7 єпископів і 264 священики, переважно з трьох галицьких областей.Собор прийняв статут УАПЦ, в основу якого було покладено статут РПЦ, незадовго до того схвалений Архиєрейським собором РПЦ. Статут було подано на реєстрацію до Ради в справах релігій і зареєстровано нею 2 жовтня 1990 р.
Центральним моментом у перебігу собору було обрання предстоятеля УАПЦ й ухвала про запровадження патріяршого устрою. Попри застереження КҐБ, представники якого мали попередньо зустрічі з впливовими делеґатами собору, патріярхом був обраний митрополит УПЦ у США Мстислав Скрипник (1898-1993). Племінник Симона Петлюри, активний учасник визвольних змагань 1917-1920 рр., майбутній патріярх сформувався як суспільний діяч у міжвоєнній Польщі, де протягом кількох каденцій обирався депутатом сейму від українців Волині. Втративши дружину, 1942 р. Степан Скрипник приймає монаший постриг з іменем Мстислав і 14 травня висвячується на єпископа Переяславського.
Митрополит Мстислав не відразу згодився прийняти обран-ня на патріярший престіл. Він розумів, що самочинне проголошення УАПЦ патріяршого устрою може ускладнити залагодження стосунків з іншими Помісними Церквами й канонічне визнання УАПЦ Вселенським патріярхом, з котрим митрополит Мстислав мав неодноразові зустрічі. Утім, зрештою він визнав чинність рішень собору УАПЦ.
Уряд СССР відмовлявся надати митрополитові в'їзну візу. Лише завдяки втручанню патріотично наставлених депутатів Верховної Ради СССР, головно Юрія Сорочика, вдалося дістати дозвіл на його приїзд. Патріярха зустрічали в Києві 19 жовтня 1990 р. 17 листопада було відправлено богослужіння в Андріївській церкві, де 14 травня 1942 р. владика Мстислав прийняв єпископську хіротонію. А 18 листопада, в неділю, в соборі Святої Софії в Києві на Святій Літургії відбулася інтронізація патріярха.
Патріярх Мстислав (Степан Скрипник) народився- 10 квітня 1898 р. в Полтаві. Після закінчення гімназії та Оренбурзької кавалерійської школи прапорщиків він був направлений на фронт. Протягом 1918-1919 рр. служив хорунжим Гайдамацького кінного полку ім. Костя Гордієнка армії УНР. Був поранений. Хорунжий Скрипник виконував обо-в'яз-ки дипломатичного кур'єра й офіцера для спеціяльних доручень. Закінчив війну проти російської окупації в таборі інтернованих осіб у Каліші (Польща).
По війні Степан Скрипник працював в українських культурно-освітніх і кооперативних установах на Волині й у Галичині. Він закінчив Вищу школу політичних наук у Варшаві й богословські курси Варшавського університету. Протягом 1930-1939 рр. Скрипник був депутатом польського сейму від Волині. Він тоді входив також до єпархіяльної ради та митрополичої ради Автокефальної Православної Церкви в Польщі. Після розстрілу його дружини большевиками Степан Скрипник приймає чернечий постриг з іменем Мстислава, рукоположення, а 12 травня 1942 р. нарікається в єпископа Переяславського відродженої УАПЦ. 14 травня 1942 р. о. Мстислав прийняв архиєрейську хіротонію від архиєпископа Чигиринського Ніканора та єпископа Уманського Ігоря.
Владика Мстислав багато їздить по Лівобережній Україні, організує приєднання до УАПЦ Харківсько-Полтавської єпархії, очолюваної митрополитом Феофілом Булдовським, поєднання УАПЦ й автономної Церкви, очолюваної архиєпископом Олексієм Громадським. Після повернення большевиків владика виїздить за кордон, де організує переміщення в Західну Европу єпископату УАПЦ. Він служить у таборах переміщених осіб, а потім - у Канаді й США. Його архиєрейське служіння під час Другої світової війни та в перші повоєнні роки відзначалося великим динамізмом, широтою контактів із українськими суспільними середовищами, місійною наполегливістю.
Перебуваючи у вимушеній еміґрації, владика Мстислав ніколи не приймав чужинецького громадянства, зберігаючи статус громадянина УНР. Він брав діяльну участь у налагодженні церковного життя в українських громадах Західної Європи та Північної Америки, з 1969 р. очолив УАПЦ в діяспорі, а з 1971 р. - також УПЦ в США. Значною мірою завдяки енерґії та адміністративному талантові митрополита Мстислава вдалося створити потужний духовний центр УПЦ в США у містечку Савт Бавнд Брук, штат Нью-Джерсі. Після повернення в Україну патріярх Мстислав здійснює поїздки по Галичині й Волині, а в травні 1991 р. приїздить на батьківщину - в Полтаву й Харків. На його клопотання вірним передаються рештки Іоано-Богословського храму в Харкові й дзвіниця Успенської церкви в Полтаві.
Комуністична номенклатура повсюдно протидіяла відродженню УАПЦ. Коли ж відродження стало реальністю, почалася праця КҐБ і КПСС над тим, щоб не допустити виходу Церкви поза контроль, її унезалежнення. Була організована опозиція обранню на патріярший престіл Мстислава Скрипника. Храми для УАПЦ не передаються. Патріярхові так і не було надано житла в Києві.
1 грудня 1990 р. Верховна Рада СССР прийняла новий закон про свободу совісти й релігійні організації. За ним реєстрація релігійних організацій передавалася місцевим органам влади. Релігійні організації діставали права юридичної особи. Полегшувалася процедура реєстрації. Реєстрація ставала умовою лише до надання організації прав юридичної особи. Для здійснення богослужінь та інших релігійних практик вона була необов'язковою. Скасовувалася реєстрація священнослужителів.
Правний статус для УАПЦ було забезпечено шляхом реєстрації статуту УАПЦ 2 жовтня 1990 р. та статуту Патріярхії УАПЦ як юридичної особи, що представляє керівництво Церквою. На 1 січня 1991 року УАПЦ налічувала 940 громад, 96% з яких знаходилися на території Львівської, Івано-Франківської і Тернопільської областей.
УАПЦ здійснює душпастирську опіку над патріотичними громадськи-ми організаціями, бере участь у проведенні масових акцій до 500-річчя українського козацтва та інших пам'ятних дат.
Завдяки УАПЦ починається видання україномовної православної церковної літератури в Україні, розширюване в міру згортання цензури. Відкриваються духовні семінарії у Львові, Івано-Франківську, Теребовлі. Викладачами стають випускники російських семінарій та академій. Лише дехто з них мав кваліфікаційний ступінь кандидата богослов'я. Докторів богослов'я в семінаріях не було зовсім. Програми семінарій копіювали програми російських духовних шкіл.
16 липня 1990 р. Верховною Радою України було проголошено декларацію про державний суверенітет. Зроблено перший крок до виходу з СССР. Однак події 19-21 серпня 1991 р. в Москві поставили під сумнів майбутні демократичні перетворення. Путч комуністичної номенклатури викликав зростання реваншистських настроїв в Україні. Але його провал змусив Верховну Раду, очолювану колишнім завідувачем відділу ЦК Компартії України Леонідом Кравчуком, почати шлях до реальної незалежности. Додатковим стимулом було зростання впливу опозиційної сили - Народного Руху України, котрий постійно ставив за мету сприяти відродженню двох національних Церков - УАПЦ і УГКЦ. Так 24 серпня 1991 р. Верховна Рада України проголосила Україну самостійною державою.
1 грудня 1991 р. в Україні пройшов загальнонаціональний референдум, на якому народ мав відповісти на питання про доцільність вибору самостійної державности. Того ж дня відбулися перші президентські вибори, на яких двома головними претендентами були голова Верховної Ради Леонід Кравчук і лідер Народного Руху України В'ячеслав Чорновіл. Абсолютною більшістю голосів народ України висловився за власну самостійну державу й вихід з СССР. Та ця перемога знецінювалася обранням на президентську посаду Леоніда Кравчука, котрий устиг зарекомендувати себе як майстер компромісів та ухиляння від прямих відповідей.
За кілька днів до виборів, 20-21 листопада 1991 р. в залі Академії наук України на Володимирській вулиці Києва пройшов Міжрелігійний всеукраїнський форум. На ньому було представлено 16 конфесій, що діяли в Україні на той час. У засіданнях брали участь 211 делеґатів. Найбільше представників направила РПЦ. На той час РПЦ мала в Україні 22 єпархії, 21 архиєрея, 5,5 тис. парафій, 32 монастирі, 3 духовні семінарії, 3 духовні училища. УАПЦ налічувала 14 єпархій, 11 єпископів, 1,6 тис. парафій.
Центральне місце на форумі зайняв виступ Леоніда Кравчука, який проголосив тезу: "Незалежній державі - незалежну Церкву". Виступали також глава УПЦ Філарет (Денисенко), керуючий справами УАПЦ архиєпископ Антоній (Масендич) та ін. У день закінчення форуму пройшла перша офіційна зустріч митрополита Філарета й архиєпископа Антонія.
Президент Леонід Кравчук (1991-1994) не був новаком у церковній політиці. Під час праці в ЦК КПУ він спеціалізувався на атеїстичній пропаґанді, мав із цього фаху публікації. Він знав проблеми й потреби Церкви, вмів використати кар'єристичні й меркантильні прагнення єпископату. Православній Церкві пропонувалися захист і допомога за підтримку нею кандидатури Кравчука на виборах. Храми РПЦ в Україні наповнили передвиборчі листівки під гаслом: "Вільна Церква у вільній державі".
Для церковної політики Леоніда Кравчука став властивим жорстко авторитарний стиль із широким застосуванням псевдопатріотичної патетики. Релігійна політика формувалася в дусі волюнтаризму під впливом ідеї єдиної державної Православної Церкви, здатної ідеологічно підтримувати панівний режим. Із цією метою 25 червня 1992 р. було проголошено об'єднання УПЦ‑МП та УАПЦ в єдину "Українську Православну Церкву - Київський Патріярхат".
Реєстрацією документів нового релігійного об'єднання займалася безпосередньо Рада Міністрів України. Інструментом здійснення президентської релігійної політики стала Рада в справах релігій при Кабінеті Міністрів, очолена невдовзі після 25 червня палким прихильником УПЦ-КП Арсеном Зінченком. Рада в справах релігій забезпечувала різнобічну підтримку УПЦ-КП й чинила тиск на її опонентів.
Президія Верховної Ради України рішенням від 16 червня 1992 р. приєдналася до релігійного протистояння, заявивши про невизнання ухвал "Харківського собору" 27 травня, який проголосив зміну предстоятеля УПЦ. Але спроби позбавити юридичних прав УПЦ-МП зірвалися, й фактично УПЦ-КП набула правний статус коштом передання їй юридичних прав УАПЦ. 7 липня 1992 р. до статуту УАПЦ були внесені зміни, якими УПЦ-КП визнавалася єдиною правною спадкоємницею УАПЦ. Почалася перереєстрація статутів єпархіяльних управлінь УАПЦ.
З приходом до влади 10 липня 1994 р. президента Леоніда Кучми (1994-2004), чия виборча кампанія проводилася під проросійськими гаслами й ідеями інтеґрації України до "євразійського простору", панівне становище УПЦ-МП цілком відновилося, зміцнившись із конфліктом довкола похорону владики Володимира Романюка ("кривавий вівторок" 18 липня 1995 р.). Уже за тиждень після обрання нового президента перша програма Українського телебачення транслювала виступ митрополита УПЦ-МП Володимира (Сабодана). За прикладом Росії до протоколу президентських поїздок по країні вводяться обов'язкові зустрічі з архиєреями Московського патріярхату, відвідання російських храмів. У себе на батьківщині президент закладає храм УПЦ-МП. 24-26 листопада 1995 р. він здійснює поїздку на Святу Землю в супроводі митрополита УПЦ-МП Володимира (Сабодана) й одержує від Єрусалимського патріярха Діодора Великий Хрест.
Відбувається злиття УПЦ-МП з панівним режимом. У більшості областей УПЦ-МП дістає виключне право на використання державних засобів інформації, на душпастирську опіку солдатів строкової служби, в'язнів. Водночас президент Кучма усвідомлює політичні переваги церковної незалежности від зовнішніх центрів. До 2000 р. в його адміністрації розробляється проєкт здобуття від Московського патріярхату томосу про автокефалію для УПЦ-МП в обмін на приєднання до УПЦ-МП інших православних юрисдикцій. Але Московський патріярхат відмовився задовольнити пропозицію Леоніда Кучми.
З упокоєнням патріярха Димитрія Яреми адміністрація Кучми вживає енерґійних зусиль для запобігання переходові УАПЦ під управління митрополита УАПЦ в діяспорі. Державний комітет у справах релігій (голова Віктор Бондаренко) та Служба безпеки України (голова Леонід Деркач) чинять тиск на єпископат УАПЦ й змушують більшість єпископів обрати за місцеблюстителя, а потім і предстоятеля давно залежного від влади митрополита Мефодія Кудрякова. УАПЦ відводиться роль притулку для осіб із невизначеною канонічністю, скандальною репутацією, анархічною вдачею, які послугуються патріотичною риторикою й потребують непомітного нагляду.
Під час президентських виборів 2004 р. і т. зв. "Помаранчевої революції" УПЦ-МП стала на шлях відвертої підтримки кандидата від влади Віктора Януковича, речника проросійських політичних сил. У церквах роздавалися листівки, що аґітували за цього кандидата, поширювалися чутки про його благословення чи то "афонськими", чи "єрусалимськими" старцями, стверджувалося, нібито метою його опонента, Віктора Ющенка, є окатоличення України. Було здійснено спроби організувати хресні ходи на підтримку Януковича. Митрополит Володимир (Сабодан) благословив Януковича на боротьбу за президентство. З інших релігійних лідерів лише митрополит Мефодій (Кудряков), організатор розколу в УАПЦ, 30 вересня 2004 р. відкрито закликав до голосування за Віктора Януковича, заявивши: "Лише ваша відкритість та справедливість дає впевненість, що всі конфесії, які не порушують українських законів, будуть бачити в вас свого батька".
Після перемоги на виборах 2004 р. Віктор Ющенко (2005-2010) проголосив про відмову від політики державного адміністрування в сфері релігії. У своїх перших промовах президент заявив, що в Україні не повинні вказувати людям, до якої церкви їм ходити, і не мусить бути захоплень храмів. Указом президента України 20 квітня 2005 р. було ліквідовано Державний комітет України в справах релігій, а його функції покладено на Міністерство юстиції України. Утім, водночас президент і його секретаріят виступали з заявами про необхідність утворення єдиної Помісної Православної Церкви. До державних церемоній долучається благословення лідерів християнських конфесій, що відбулося в Софійському соборі Києва.
Релігійний складник у політичній риториці Віктора Ющен-ка виявився сильнішим, ніж у його попередників. Президент охоче демонструє свою побожність, беручи участь у публічних богослужіннях УПЦ‑КП. Вже 2005 р. було здійснено спробу приєднати до УПЦ‑КП схильну до компромісів частину УАПЦ під проводом митрополита Мефодія (Кудрякова). Задля цього адміністрація Віктора Ющенка фактично підтримала захоплення прихильниками Мефодія (Кудрякова) приміщення патріярхії УАПЦ 4 лютого 2005 р. Радник президента й працівник секретаріяту президента Олександр Саган особисто бере участь у нарадах прихильників Мефодія (Кудрякова), організує зустрічі з єпископами УПЦ-КП. Визначається дата об'єднання - 19 листопада 2005 р. Однак, вдало використавши підтримку адміністративного ресурсу, в останню мить митрополит Мефодій заявив про відмову йти на об'єднання з УПЦ‑КП.
УАПЦ увійшла в реальність незалежної України як духовна сила, різко альтернативна комуністичному режимові, традиційно пов'язана з патріотичними середовищами. Її канонічна доктрина визначалася відмовою узалежнювати себе від синодальної Російської Церкви, невизнанням леґітимности акту 1686 р. (підпорядкування Київської митрополії Московському патріярхові) й наступних церковно-правних документів РПЦ. Богослужбова практика УАПЦ орієнтувалася на питомо київську традицію, закріплену в часи митрополитства Петра Могили. Мова церковних видань брала за взірець норми "харківського правопису" 1928 р., парафіяльний та єпархіяльний устрій спирався на засади "соборноправности" з залученням до управління як єпископів і священиків, так і мирян. Неоціненну роль у перспективі творення в Україні громадянського суспільства міг відіграти досвід інтеґрування громад УАПЦ в демократичне суспільство західних країн повоєнної доби.
Але ці риси не задовольняли посткомуністичну адміністрацію України, що прагнула зберегти в державі після проголошення її самостійности панівне становище старої бюрократії та використати його при розподілі загальнонародної власности. Церква була потрібна їй як ідеологічна підпора, знаряддя впливу на суспільну свідомість і виправдання вчинків, сумнівних з погляду моралі й чинного законодавства. Крім того, авторитарний характер світогляду політичних еліт визначав їхнє бачення Церкви як єдиної одержавленої структури.
Здатність УАПЦ чинити опір посткомуністичній владі послаблювалася принаймні трьома головними чинниками. По-перше, слабкістю адміністративного устрою УАПЦ, яка не мала в країнах розсіяння єдиного центру й очолювалася митрополитом УПЦ в США. Спроби створити в Києві загальнонаціональний адміністративний центр щойно розпочалися з передачею УАПЦ Свято-Михайлівського монастиря, головний храм якого був зруйнований, а більшість споруд використовувалася не за призначенням. Молодий митрополит Антоній Масендич (1961-2001), призначений керуючим справами Патріярхії 1 грудня 1990 р., не мав досвіду управління, необхідних коштів і компетентних помічників. По-друге, слабким розумінням ідентичности київського православ'я та самобутности УАПЦ з боку клиру, що сформувався в РПЦ й походив майже виключно з Галичини. Ідентичність УАПЦ зводилася до мови богослужіння, патріотичної риторики й підпорядкування власному центрові. В Галичині тривав жорсткий міжконфесійний конфлікт, котрий заважав православним громадам усвідомити всю складність історичних процесів формування їхньої церковної культури, конструктивну роль у цьому процесі поберестейського періоду. По-третє, православні середовища в українській діяспорі вже переживали кризу покликань і не могли надати відроджуваній УАПЦ в Україні реальної допомоги в формуванні клиру. Епізодичні приїзди патріярха Мстислава й деяких інших священнослужителів не могли істотно вплинути на духовне здоров'я й пастирську свідомість клиру УАПЦ. Вихідці з РПЦ вносили в клир УАПЦ комплекси меншовартости й дух самодостатнього корпоративізму, а масовий прихід молодшого покоління, нашвидкоруч навченого в щойно заснованих семінаріях Львова, Івано-Франківська й Теребовлі, розчаровував низькою пастирською компетентністю й незрілістю віри.
Патріярх Мстислав гідно витримав перший удар, завданий його Церкві посткомуністичною владою 1992 р. Він відмовився визнати легітимність "об'єднавчого собору" 25 червня 1992 р., а дізнавшись про перехід до УПЦ-КП митрополита Антонія (Масендича) та архиєпископа Володимира (Романюка) та прийняття ними пересвяти від Філарета (Денисенка) 17 жовтня 1992 р. оголосив про виведення їх поза штат ("скреслення з клиру") УАПЦ. Після архипастирської візитації Києва, Полтави й Харкова 24 грудня 1992 р. патріярх Мстислав провів нараду, на якій призначив керуючим справами Патріярхії УАПЦ Львівського архиєпископа Петра (Петруся). Тоді ж було подано заяву до президента Леоніда Кравчука, прем'єр-міністра Леоніда Кучми, генерального прокурора Віктора Шишкіна з вимогою скасувати рішення про ліквідацію УАПЦ та повернути їй леґальний статус.
Боротьба за відновлення юридичних прав УАПЦ поглинала всю енергію церковного керівництва й тривала три роки. Проводилися пікети, демонстрації, писалися листи протесту, Лише 5 червня 1995 р. державою було визнано леґальне існування Церкви. Щоправда, не чинилося істотних перешкод у діяльності парафій УАПЦ. Але всі вони автоматично зараховувалися до складу УПЦ-КП відповідно до ухвал собору останньої. Визначну роль у збереженні УАПЦ відіграла в ці роки Борисоглібська парафія м. Києва (настоятель о. Юрій Бойко), зокрема її парафіяни Олег і Святослав Заставські.
Патріярх Мстислав помер 11 червня 1993 р. Він не зміг за станом здоров'я відправити хіротоній нових єпископів УАПЦ. Інші владики УПЦ в США та УАПЦ в діяспорі відмовилися допомагати УАПЦ в Україні зберігати її канонічний статус. Єпископські свячення в Україні здійснюються самостійно. 5 вересня 1993 р. відбувається рукоположення в єпископи колишнього настоятеля Петропавлівської церкви, ініціятора відродження УАПЦ в Україні 78-річного о. Володимира Яреми. Перед тим о. Володимир і його дружина Юлія прийняли монаший постриг з іменами Димитрій і Юліянія. Другий Помісний собор УАПЦ 7 вересня 1993 р. обрав владику Димитрія на патріярха Київського і всієї України. Інтронізація відбулася 14 жовтня 1993 р.
Патріярх Димитрій Ярема переїхав до Києва й почав організовувати там адміністративний центр УАПЦ. Несподіваною перешкодою стала позиція Львівського архиєпископа Петра Петруся, який волів зберігати й надалі суто галицький характер УАПЦ. Восени 1995 р. чиниться спроба використати УАПЦ для інтриги проти митрополита Філарета Денисенка, який мав стати патріярхом УПЦ-КП. За активної підтримки Ради національної безпеки і оборони України 19-20 жовтня 1995 р. проводиться новий "об'єднавчий собор" за участи переважно галицьких священиків і єпископів УАПЦ та УПЦ-КП, який проголошує створення "об'єднаної" УАПЦ-КП. Головною метою нової авантюри стає недопущення вибору Філарета на патріярха УПЦ-КП та об'єднання з УПЦ-МП. Після провали обох політичних проєктів стає очевидним, що нічого, крім дезорганізації в церковному житті, "УАПЦ-КП" не дала.
Патріярх Димитрій розпочинає боротьбу за відновлення повноцінного церковного життя в УАПЦ. 17 жовтня 1996 р. він проводить Вищу церковну раду, на якій призначає керуючим справами Патріярхії єпископа Ігоря (Ісіченка). 28-29 травня 1997 р. в Києві проходить Третій Помісний собор УАПЦ, на якому приймається новий статут УАПЦ, зіпертий на традиції київського православ'я та адміністративний досвід УАПЦ в діяспорі. В статуті УАПЦ "визнає свій особливий зв'язок зі Вселенською Константинопільською Церквою-Матір'ю, через яку Русь-Україна ввійшла до Соборної Апостольської Христової Церкви" та "визнає особливий авторитет у справах віри Вселенського Константинопільського Патріярха".
Попри захоплення УПЦ-КП приміщення патріярхії, вдається повернути частину келійного корпусу Свято-Михайлівського монастиря, де з осени 1997 р. починає функціонувати адміністративний центр УАПЦ. При ньому діє резиденція патріярха, мистецький центр з галереєю ікон, редакція газети "Наша віра", книгарня. Реґулярно відбуваються прес-конференції, видається інформаційний бюлетень, розробляється веб-сторінка www.uaoc.kiev.ua, на якій оперативно висвітлюються новини з церковного життя.
Занепокоєний тенденціями в суспільній моралі України, патріярх Димитрій видає серію бесід "Розмови про страшне сьогоднення". Він часто й охоче зустрічається з журналістами, письменниками, митцями. Однак пропоновану йому державну нагороду патріярх відмовився приймати, так само як він відмовився від зустрічі з президентом Леонідом Кучмою.
На межі 1998-1999 рр. відбувається поїздка патріярха Димитрія й архиєпископа Ігоря в США. На зустрічах із митрополитом Константином, архиєпископом Антонієм, членами митрополичої ради ставиться питання про відновлення єдности УАПЦ в Україні з українськими православними церквами в діяспорі, що перебувають під омофором Константинопольського патріярха. Обмірковуються перспективи канонічного визнання УАПЦ. За наслідками цього візиту 4 жовтня 1999 р. проводиться архиєрейський собор, що звернувся до УАПЦ в діяспорі з посланням, де містилися такі пропозиції:
1. "Відновити єдність Української Автокефальної Православної Церкви в Україні й діаспорі з одним предстоятелем і спільним Архиєрейським собором.
2. Клопотатися перед Всесвятішим Вселенським Патріярхом Варфоломеєм про канонічне визнання Помісного статусу єдиної Української Автокефальної Православної Церкви.
3. Звернутися до єпископату, священства й мирян інших православних юрисдикцій в Україні та в українській спільноті за кордоном з закликом приєднуватися до процесу творення єдиної Української Помісної Православної Церкви".
Починається підготовка до Помісного собору ювілейного, 2000 року, на якому планувалося передати повноваження предстоятеля УАПЦ в Україні митрополитові УАПЦ в діяспорі та УПЦ в США Константинові.
Однак 25 лютого 2000 р., не доживши до омріяного собору, патріярх Димитрій помер. Того самого дня митрополит Константин благословив поминати його ім'я на богослужіннях. Було оприлюднено заповіт патріярха Димитрія, де говорилося: "Єпархії Української Автокефальної Православної Церкви в Україні благословляю визнати над собою юрисдикцію Блаженнішого митрополита УАПЦ в діаспорі та УПЦ в США Костянтина і під канонічним проводом Його Блаженства та під управлінням Патріярхії здійснювати апостольське служіння в дусі заповіту нашого Великого Патріярха Мстислава, який ще 1990 р. проголосив об'єднання владик УАПЦ в Україні та в діаспорі у єдиний Архиєрейський Собор". Однак очолювання УАПЦ в Україні громадянином США, незалежним від посткомуністичного режиму, не влаштовував президента Леоніда Кучму і його проросійське оточення. На єпископів УАПЦ чиниться тиск, і вони більшістю голосів обирають спершу на місцеблюстителя, а потім, на Четвертому помісному соборі 14-15 вересня 2000 р., і на предстоятеля Тернопільського митрополита Валерія Кудрякова (1949-2015), відомого своїм нестримним темпераментом і тісними зв'язками з владою та кримінальними колами. Кандидатура митрополита Валерія Кудрякова активно лобіювалася владою.
Щоправда помісний собор 2000 р. пішов на компроміс і спробував створити триступеневу систему управління, на чолі якої стояв духовний провідник УАПЦ - митрополит Константин Баган, повноваження предстоятеля з титулом митрополита Тернопільського виконував Мефодій Кудряков, а керуючим справами патріярхії, підпорядкованим митрополитові Константину, лишався архиєпископ Ігор Ісіченко.
З часом виникло непорозуміння архиєпископа Ігоря із єпископатом УАПЦ. Владика Ігор реєструє Харківсько-Полтавську єпархію як альтернативну УАПЦ із назвою УАПЦ (О).
24 лютого 2015 р. помирає Митрополит Мефодій. Після похорону Місцеблюстителем Київського престолу УАПЦ обрано Львівського Митрополита Макарія, який 4 червня V Помісним собором УАПЦ обраний Предстоятелем.
01 квітня на єпархіальному соборі Харківсько-Полтавської єпархії УАПЦ (о) Архиєпископ Ігор проголошує та затверджує курс на єднання із УГКЦ, що приводить до повернення від єпархії до УАПЦ більшості парафій та розриву у спілкуванні із Львівським, Кіровоградським та Київським братствами св. ап. Андрія Первозваного.
9 липня 2015 р. відновили діяльність Патріярша рада УАПЦ та патріярші комісії.
14 серпня розпочалася нова сторінка розвитку УАПЦ - в Андріївській церкві було висвячено архимандрита Віктора (Бедя) на єпископа Мукачівського та Карпатського, а 23 серпня - архимандрита Бориса (Харка) на єпископа Херсонського і Миколаївського.
Церква отримала двох високоосвідчених єпископів.